日本使用乳酸菌頗廣，是屬於「特定保健食品」，而且一般市民都較瞭解乳酸菌。但是國際上自1990年不再使用乳酸菌這個名詞，而是使用益生菌（Probiotics）。但是乳酸菌在日本研究的時間比較久，而且日本一般大眾較瞭解，如果乳酸菌與食物同時食用，可以把食物難消化的食物纖維（Dietary fiber）經腸胃乳酸菌發酵後分解產生乳酸與醋酸(acetic acid一般台灣譯為醋酸)。因乳酸與醋酸為弱酸性，可導致腸內傾向酸性，以防止「壞的」細菌增生，因此日本仍然稱乳酸菌。
目前全世界使用的乳酸菌約有數十種。日本是非常特殊的國家，乳酸菌分為醫師使用的和添加用(Supplement)的兩種，使用的限制比較嚴。另外添加到優格（Yogurt）作為健康食品，日本稱為「特定保健用食品」在市面上販售。但是當藥品使用的有表飛鳴（Biofermine）、LACB等許多藥品，其中有Biofermine－R、LACB－R，這個R表示對抗生素有耐藥性（Resistance）。上面會標示 "耐性乳酸菌", R的意思就是Resistance。應用於因病服用抗生素產生的腹瀉，因為抗生素會殺死腸內「壞的」細菌，順便連「好的」細菌都殺死，因此會造成腹瀉，這時候就要服用耐性乳酸菌，就是各廠牌尾端有標Ｒ的乳酸菌，因為這種耐性乳酸菌可以抵抗抗生素而不被消滅，如果非R的乳酸菌就沒有用了。Biofermine－R在日本是醫師處方用藥，醫生會跟抗生素一起開給病人服用。目前日本在市面上出售的耐性乳酸菌有9種之多。
通常使用抗生素時會同時加上多種耐性乳酸菌，例如常使用Bifidobacterium菌或者Lactobacillus菌。目前日本使用的益生菌有14種之多。雖然名稱是同一菌種，例如Bifidobacterium菌，依菌株又分為對抗生素耐性與非耐性。而這種對抗生素有耐性的原因是該益生菌本來就具有可以左右藥物感受性的基因。因此並不是此益生菌是後天獲得的，而是先天就有。因此這種益生菌與抗生素同時投予，益生菌並不會消滅。益生菌在腸道是「好的」，因此不會做「壞事」，這是基本的觀念。在腸道有1,000多種的細菌，如果投予1-2種益生菌就能防止菌交代現象可能會有困難，惟一可說的就是比不使用好。如果使用一週的抗生素，很容易引起腹瀉，那是因為「好的」乳酸菌會死亡為主要原因。因此投予益生菌有防止這種情形發生，但是還是不能做到防止菌交代現象。
如果我們攝取添加食品的益生菌或者優格所含的益生菌，服用抗生素不會引起多種抗生素的抗藥性。引起多種抗生素產生抗藥性，轉變為質體(plasmid)抗藥性傳播，連腸內正常的細菌叢也被傳播，轉變為有抗藥性。因此使用抗生素後發生了很嚴重的問題。尤其在1980年，在歐美大量使用Vancomycin 而產生具抗藥性之金黃色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus ；MRSA)，使得腸內正常細菌叢之中的腸球菌發生抗藥性，接著這種抗藥性傳播到其它細菌，發生很嚴重的問題。因此腸內的腸球菌不能做為益生菌，如果一定要使用腸球菌做為益生菌，那就要確認不會有質體(plasmid)抗藥性傳播才能使用。
實際上，WHO對於如何決定採用益生菌有一嚴格規定，因此在選為益生菌時須好好檢查其安全性，始能食用。我們目前飲用的優格或乳酸菌飲料就是按這種基準製造，可以安心食用。但是天下事沒有絕對安全，還是要隨時注意其安全性。最近發現腸內細菌以不同的結構體進入腸內後，會發生意外的疾病。從前檢查腸內細菌的方法就是培養細菌；但現在是分析基因，始發現腸道細菌的總數在1,000多種以上，而其總數為構成人類細胞數目的10倍以上，也就是有100兆個以上腸道細菌。而且如果能更進一步瞭解此類細菌與人類的健康與疾病的關係，其中有一種情形是，因而瞭解到，例如現代文明病，即新陳代謝症候群與腸內細菌有關，可能以後會有更多新的發現。把腸內細菌中對我們身體有益的細菌採集，然後大量培養，做為益生菌，如果能夠進一步瞭解，將來其用途可能會更廣。目前在日本有許多臨床醫師開抗生素處方時，常把益生菌同時開到抗生素處方，這種方法不敢說絕對需要，但是從腸胃方面的觀點來觀察，對腸胃方面還是有幫助。
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