首先談到黴菌(Fungus)的實驗室檢查β-葡聚醣(β－Glucans)，是應用Limulus reaction反應，將甲殼螃蟹的血液凝固反應，一個相當複雜的連鎖反應 (cascade reaction)的G因子，與β-葡聚醣起反應，以測定血清或血漿中的β-葡聚醣的含量。
在日本，目前使用的是FUNGITEC－MK法；WAKO法；MARUHA法，這三種是目前日本臨床上檢查時使用。但是這些檢查，由於檢體的前處理，實際的操作，基準的β-葡聚醣，以及主要材料的甲殼螃蟹的種類的不同，因而檢查的數值不同，如MK法的基準值為20pg，而WAKO法和MARUHA法是11pg，因為檢查的數值不同，在臨床上易發生混亂。由於測定β-葡聚醣在臨床上還是會發生問題，最常見的就是偽陽性的問題。當初開發這種檢查法就是使用微量的β-葡聚醣，以非常微量的β-葡聚醣（pictogram，1pg=10億分之一克），因此開發當初就注意到可能會出現偽陽性。談到偽陽性的問題有二個原因：一個原因是β-葡聚醣是從外面污染黴菌，非β-葡聚醣發生非特異的反應。發生非特異的反應為，檢體發生很嚴重的溶血，或者骨髓腫病患的高γ丙球蛋白血症，在反應的溶液中β-葡聚醣無關係的非特異的混濁，會發生測出的數值為高值。
因此如果檢查出來為高值，那要注意病患的臨床所見，病情的經過情形，是否與基礎疾病吻合，還要注意採血的狀態，檢體的情形，檢體的處理和輸送的情形，此類情形綜合判斷，才是重要的。再提醒一點，在自然環境中有β-葡聚醣，因此在採血時或輸送時很容易混進來，尤其在檢查室，這種細菌常會容易混進來。
基本上檢查病患的血清或者血漿中，β-葡聚醣是陽性，那就表示可能罹患深部黴菌症，或者內臟黴菌症，如果黴菌發生在皮膚，就不會發生β-葡聚醣是陽性。
通常發生深部黴菌症，主要是內臟發生黴菌感染，發生率比較高的有，Candida血症、Aspergillus血症、Cryptococcus血症。此類病患在健康的人很少發生，通常是發生在病患有免疫不全的伺機性感染（Opportunistic infection）, 因此病患在服用免疫抑制劑，那就要注意有沒有罹患肺囊蟲肺炎(Pneumocystis carinii)。在10年前，曾把肺囊蟲肺炎視為原虫，但是在10年前，曾使用基因學的分析，証明其實為黴菌感染，因此現把名稱改為肺囊蟲肺炎(Pneumocystis pneumonia)。因此肺囊蟲肺炎為HIV病患常見的伺機感染症，同樣除了類風濕性關節炎及HIV病患以外的免疫不全病患，常會以伺機感染症發病。如果是非HIV病患再得這種病，可能會發高燒，呼吸困難進行得很快，如果要診斷那要靠影像診斷，可以照胸部X光，或者做CT的檢查，可以看到毛玻璃般的陰影，有明顯的濃淡影像，或者小葉間隔形成直線為特徵。除了影像診斷外，還可以使用血清檢查β-葡聚醣，但現在使用的基準值，是10年前，曾把肺囊蟲肺炎視為原虫的基準值，而這種基準值能否和現在的黴菌的肺囊蟲肺炎相當，已成為問題。有幾篇報告認為肺囊蟲肺炎(Pneumocystis pneumonia)的血清β-葡聚醣的基準值，應該比深部黴菌感染還要高。因此，如超過20pg以上那就要考慮很有可能感染肺囊蟲肺炎(Pneumocystis pneumonia)。目前對肺囊蟲肺炎(Pneumocystis pneumonia)的治療和從前不一樣，改變很多，第一選擇藥物為ST合劑(ST合劑是Sulfamethoxazole和Trimethoprim以5:1比率合成Cotrimoxazole即Baktar)。
一般如有可能罹患伺機感染的病患，可使用Baktar作預防投予。如果是HIV病患，視CD4(cluster of differentiation 4)的數目，如果低於一定的數值就可開始以Baktar作預防投予，以預防肺囊蟲肺炎。但是對非HIV的病患，如類風濕性關節炎(Rheumatoid Arthritis：RA），因對Baktar容易引起過敏反應，如藥疹，肝功能障礙、抑制骨髓等的副作用，是否要採用預防投予，還在試驗階段。
談到治療後β-葡聚醣的變化，在臨床上病程經過時一般都會做定量檢查，但是退燒後，或者X光片看起來好很多，但β-葡聚醣反而升高，容易誤認為治療無效。其實β-葡聚醣，檢查診斷是有用，但要觀察治療經過有時並不可靠，此等要注意。在這種情況下，要判斷病患有沒有好轉，使用的藥物有沒有效，那要靠病患的臨床症狀，影像所見，炎症反應的檢查來加以判斷才是可靠。
談到深部黴菌感染最多見的就是Candida，它是經過血管內的導管引起Candida血症，是導致敗血症病原菌的第3~4位。另一種是Aspergillus症，容易發生在使用抗癌劑的病患，中性球減少（Neutropenia）的病患，或者使用免疫抑制劑的病患。一般健康的人比較容易發生的是Cryptococcus症，主要發生在肺部。總之深部黴菌感染主要發生在肺部並引起敗血症。
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