潰瘍性大腸炎還包括病克隆氏症（Crohn's disease：CD），都是原因不明的大腸、小腸的炎症的疾病。其中潰瘍性大腸炎，在大腸的表面發生潰爛或有表淺的傷口。另一方面克隆氏症，在消化道任何部位都會發生較深的潰爛或傷口，這兩者是不同的。都是原因不明，不易根治的疾病，因此，日本的厚生勞動省，指定為「難病」，也就是不易治療的腸疾病。
談到潰瘍性大腸炎的潰瘍發生在表淺，克隆氏症發生在較深部。目前詳細情形還不知道。現所知道的是，潰瘍性大腸炎的發生原因，可能是大腸上皮細胞的分化、增殖、再生的異常為主的上皮的病理變化。克隆氏症形成較大潰瘍後，有許多細菌、病毒侵入，由於身體防禦機構的異常，在深部也發生炎症及潰瘍所致。
日本罹患潰瘍性大腸炎的病患，於2012年統計，有14萬6,000千人，比起前年增加1萬6,000千人，在「難病」之中罹患最多的疾病。日本罹患克隆氏症的病患有3萬6,000千人，在10年間增加1倍。
談到治療潰瘍性大腸炎與克隆氏症，宜分開來討論，但也有共通的部分。從前一直在使用的氨基水楊酸(5-ASA) （SASP 、5-ASA 、Asacol），其它有類固醇，免疫調節製劑的Imuran、Leukerin及最近10年推出的標靶藥物。自2002年開始對克隆氏症的治療使用Remicade，是一種抗TNFα（Tumor necorsis factor α）抗體藥，是效果很好的藥，本劑於2010年開始使用於潰瘍性大腸炎。2010年推出，對克隆氏症第二種的抗TNFα藥物Humira。於2009年，對潰瘍性大腸炎嚴重病例，使用藥物Tacrolimus，本劑是很有效的藥物。
談到治療指引，因為治療的藥物增加很多，病患增加很多，急需指引（Guideline）。日本指引於2004年推出。克隆氏症的指引於2011年推出，同時於2013年推出英文版。日本消化器學會最新的指引，將於2014年推出。
談到參考指引的問題，要改編指引，需要花一點時間，等改編好後有一部份已過時。尤其是潰瘍性大腸炎與克隆氏症的治療，新的治療不斷推出，同時新的想法也不斷提出，因此有時參考治療指引，也會發生困難的情形。
在治療本疾患時，如潰瘍性大腸炎的病患，有7成是輕度，一般的開業醫也會經常看到，總認為治療就是症狀改善。如治療腹瀉、血便、腹痛等減輕症狀後，就開始減少藥物的劑量，甚至停止用藥。目前認為這樣的治療是不夠的。現在的看法是一定要治療到粘膜治癒（Mucosal healing），一定要治療到潰瘍完全治癒後才能停藥，如此才能預防再發。
談到日本的潰瘍性大腸炎與克隆氏症的病患相當多，一般開業醫師治療到甚麼程度，就要轉到專科醫師。通常對潰瘍性大腸炎的治療使用氨基水楊酸(5-ASA)製劑及類固醇，並沒有好轉的治療效果，那就好早一點轉到專科醫師。如果是克隆氏症，因為要檢查小腸，一般的醫院或診所，有時有困難，因此還是早一點送到專科醫師。轉送到專科醫師的病患經治療後，病情好轉，治療方針及藥物已決定，可以再轉回到原來的開業醫處經續治療。如果是潰瘍性大腸炎，是以潛血反應為指標；克隆氏症則CRP（C reactive protein）的血液檢查為指標。但是送回開業醫後，如果開業醫要做內視鏡檢查，或小腸的檢查有時會有困難。因此每年要有1次轉回原來的專科醫師。尤其是克隆氏症，即使沒有症狀，還是有的病情會繼續進行。因此，有必要，將病患1年1次，轉回專科醫院檢查。其次平時還要做到大便的潛血反應及血液的CRP。如果上述兩種檢查，有惡化時，要注意。同時也可做為內視鏡粘膜治療的指標。上述兩種檢查，每3月做1次檢查，如有惡化，要與專科醫師互相研討，加強治療方針。
談到預後，日本的預後，潰瘍性大腸炎，一般人的情形差不多，情形相當好，壽命也和普通人相似。要手術的病患，占所有病患的4.9%，並不是很多。但克隆氏症也不會縮短壽命，即使沒有嚴重的症狀，病情在進行，需要手術的病患占30~40%。做過第1次手術後，再做第2次手術的病患目前已減少很多。因此要做適當的治療，以減少病患再手術。
談到罹患本疾患需要手術的病例，可能有下列情形：高齡者，再加上罹患Cytomegalovirus 、 Clostridium difficile，另外長期使用大量類固醇的病患。因此如果使用類固醇的病患，沒有明顯的效果，應轉診到專科醫師處治療，如此將來可避免手術治療。
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