談肺外結核，從字面上來解釋就是肺以外感染結核病的意思。但是臨床上單純的肺外結核並不多，多數有肺結核，合併有肺外結核的多見。肺結核不僅在肺部發生肺結核，也會經血管及淋巴管將結核菌感染到其它器官，因此診察結核病患時，還是要注意其它的器官。
在診斷時，有時也很容易發生錯誤。例如骨關節結核把它當著骨質疏鬆；腸結核，雖然不多見，常把它當著腸炎，大腸的腫瘤或克隆氏症；腦結核當著腦腫瘤；女性生殖器的結核，把它當著卵巢或子宮的腫瘤；頸部淋巴性結核，把它當著癌症的轉移，因而造成結核病診斷的延誤。
氣管和支氣管也會引起結核，由於有炎症，久後會發生氣管狹窄，而發生喘嗚，把它當著氣喘治療。
發生頻率比較高的是頸部淋巴腺腫，檢查方面，穿刺後檢查細胞，如果有膿，檢查濃液，查明細菌，找到結核菌就可以開始治療。治療頸部結核時，治療快結束時，頸部淋巴腺會突然腫起來，這種情形是頸部淋巴腺的一種過敏反應，要注意就是了。
談到結核性胸膜炎，容易在胸部形成積水，還有肺炎引起的胸部積水。診斷是抽胸水檢查，不容易將細菌檢查出來。這時可使用補助診斷使用Adenosine deaminase，簡寫為ADA，如果超過50 就要懷疑有肺結核。目前使用胸腔鏡，可以觀察有無結核性病變，較從前的診斷要進步很多。如果胸部有積水，可以使用導管引流，這種引流不必長期放在胸腔，需要引流時放進去就可以。其實內科治療，不使用導管引流，有的病患可以治癒。
其次談到粟粒結核為肺外結核的代表，在肺部也會發生結核。是細菌順著血管流到身體各部位引起的疾病，因此有許多器官會有結核病灶，至少有兩種器官會發生粟粒症狀的結核病變。治療使用標準療法，但有的病患會經過呼吸衰竭ARDS（Acute Respiratory Distress Syndrome）、DIC（Disseminated intravascular coagulation disseminated intravascular coagulation）等嚴重的過程。發生這樣的情形，主要是免疫比較差的病患發生的情形比較多。
最近因癌病患使用免疫抑制劑，使得病患的免疫力降低，因而容易罹患結核病。治療使用一般的肺結核的治療就可以，可能治療時間要延長。
粟粒結核有時也會引起腦膜炎，因而發生意識障礙或痙攣等嚴重症狀，如果有意識障礙還要加上類固醇(Steroid) 治療。在結核病的治療中，會使用類固醇的有腦膜炎及心內膜炎。
對結核腦膜炎的藥物治療，藥物可以滲透到腦膜，治療應是沒有問題。
談到消化道的結核病，是很少見到，其中以腸結核較多見。從前沒有藥物治療的時候，罹患腸結核後差不多都死亡。但現在罹患腸結核差不多都有救，有的病患會引起腸道狹窄，甚或穿孔後引起腹膜炎。因此，如果發現有腸結核還是要慎重處理。
其次談到關節結核，有時在臨床也可以見到，可能是上了年紀的關係，常會訴苦腰痛。脊椎Caries，指的就是結核性脊椎炎。從罹患部位，膿液會經腸腰肌向下流，發生「冷膿瘍」。因為肌肉如有膿液，治療起來就會發生困難。其它許多關節的結核，如果是輕度的，使用標準的肺結核的藥物治療就有效。如果一旦惡化到有濃的程度，單靠藥物治療有時會沒有效，要有外科治療。
因為結核病對所有器官都可能引起感染，如果在診斷疾病時，找不到原因，結核病可以考慮進去。
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