懷孕時使用藥物要注意的是，很可能使用藥物後會產生畸形（Teratogenic）的胎兒。產生畸形是胎兒正在形成器官時，曝露於藥物引起的副作用。但是胎兒各器官形成後並不是很安全，因為藥物會經過胎盤直接影響胎兒。
其次談到胎兒器官的形成時期，視各器官而不同，通常是懷孕4週，受精後 2週，最重要的就是懷孕至第7週，多數器官在第10週以前形成。
通常懷孕4－7週，有時本人可能還不會感覺已懷孕。並不是服用任何藥物都會影響胎兒，實際上能夠發生畸形胎就有其中一部份。因此懷孕婦女這時服用某種藥物後，擔心會生畸形胎兒，而要終止懷孕的也有。
通常藥物經胎盤影響胎兒畸形，可分為懷孕初期、中期及後期。對於胎兒中期及後期的不良影響，有腎素－血管收縮素系統(Rennin-angiotensin system, RAS)抑制藥，其中有血管收縮素受體拮抗劑(Angiotensin II receptor antagonist)及血管收縮素轉換酵素抑制劑 (Angiotensin-converting enzyme inhibitor；簡稱ACEI)，對胎兒可能造成低血壓，腎血流低下而發生腎臟障礙，因而沒有小便，羊水也沒有，胎兒的顏面因而變形，肺部也不會長大，變成發育不良。
通常能夠通過胎盤的藥物是分子量較小的藥物，同時與蛋白結合較低的藥物容易通過胎盤。剛才提到的降壓劑對懷孕後期，會發生同樣的後果，非類固醇抗炎症藥，Acetaminophen也有同樣的作用，動脈導管的作用是眾所週知。懷孕後期如果繼績投予Acetaminophen，會影響動脈導管。胎兒的動脈導管，因胎兒不呼吸，因此不必流入血液至肺部，胎兒的總肺動脈有大動脈不經肺的繞道( Bypass)的導管，這就是動脈導管，出生後用不到它，快速收縮而阻塞。如果胎兒的動脈導管阻塞，從超音波可以觀察到胎兒右心室肥大，胎兒心臟衰竭，胎兒水腫或全身的浮腫。這種情形是抑制前列腺素(Prostaglandin)。胎兒的動脈導管開通主要是Prostaglandin或一氧化氮的作用使得血管擴張。如果Prostaglandin因它的機轉是能抑制環氧化酉每(Cyclo-oxygenase，簡稱COX)，使得胎兒的動脈導管收縮及閉鎖。使用比較強的退熱劑會抑制Prostaglandin，因此是禁忌，但是Acetaminophen是比較安全的藥物，目前日本使用的情形是，日本厚省勞動省的「使用上改訂的注意事項提出：日本國內，曾發生3例的動脈導管閉鎖，因此在使用上，懷孕後期投予解熱劑還是要小心。但這並不是禁忌使用解熱劑，如果有益病患還是可以使用。
但從國外的文獻報告顯示，動脈導管收縮及動脈導管閉鎖，有的是特異性的，不一定服用解熱劑有關，未必是醫原性，或藥物引起，當然有一部分是服用Acetaminophen的可能。目前全世界公認Acetaminophen可使用於懷孕婦女。如果使用不容易把高燒退下來，使用抗炎症藥，對懷孕婦女，任何時期都可使用類固醇，尤其是有罹患膠原病的病患，這樣的治療還是很重要。目前所知道的解熱劑，除了Acetaminophen外鹽基性的雖然對胎兒動脈導管的影響很少，但效果沒有Acetaminophen明顯。
最近的報告顯示，使用Acetaminophen，可使胎兒及嬰幼兒的氣喘的罹患牽增加。這是2008年，開始有的報告，但也有否定的報告。總之使用藥物時，懷孕婦女及胎兒需要服用，最低有效劑量，這是最好的藥物治療方法。
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