腰痛在臨床上是常見的疾病，有時會與內臟疾病合併。據統計與內臟疾病合併有數%。在內臟疾病中，以腹部器官的疾病最常見，其中又以消化道疾病較多見。因此，腰痛有必要與消化道疾病做鑑別診斷。會發生腰痛的消化道疾病，較常見的有，位於腹膜後的器官，如胰臟，其疾病常會造成腰痛。其次是消化道疾病中的大腸憩室(Diverticulosis)。大腸憩室本身並沒有任何症狀，一旦發炎，就會開始出現症狀，尤其是日本人，容易發生右側結腸憩室，就會有右側的腰痛出現。其它還有闌尾炎（Appendicitis），俗稱盲腸炎，尤其是闌尾向後側彎曲，如果發炎，最先出現的症狀就是腰痛，而不是右下腹部的「反彈痛」。在肝臟方面，肝膿瘍會發生右側的背部痛及腰背部痛。通常肝膿瘍多數慢慢形成，因此突然發燒不多見，反而是在病情經過中，病患主訴背部痛的比較多見。還有膽結石引起的膽道感染，再引起肝膿瘍，或者阿米巴肝膿瘍，都有可能引起腰痛。另一種腸腰肌膿瘍(Iliopsoas muscle abscess ; IPA)，是由腸道的腸內細菌轉移的疾病，通常抵抗力降低的疾病，如糖尿病，使用類固醇或免疫抑制劑的病患，會因腰痛與發燒來看診。
另外談到腰椎由來的疼痛，與消化道有關的，為惡性腫瘤轉移到骨骼，如大腸癌、胃癌及胰臟癌。其它並不是轉移到腰椎，而是轉移到主動脈周圍的淋巴腺，導致後腹膜神經叢受到壓迫，或癌浸潤神經也會引起腰痛。
談到診察腰痛時要注意的就是，現已變成高齡化社會，因此腰痛的病患很多，有的病患可能找骨科醫師，或找原來看診的內科醫師。而此類病患本來就有高血壓，或者其它基礎疾患，因此，很可能內科醫師最先診察此類病患的情形會比較多。
最主要的就是對病患詳細的問診，同時注意伴隨的症狀，尤其是腹部症狀，這一點很重要。在診察時，不僅注意腰痛，同時還要注意腹部，有沒有壓痛，此點同樣重要。其它問診時還要注意，消化道的症狀，如食慾不振、噁心、體重減輕等都要注意。並不是有了腰痛，不做核磁共振成像(Magnetic resonance imaging ; MRI)就沒有辦法診斷。例如，有發燒時，先做一般的血液檢查、白血球、C-反應蛋白（CRP，C-Reactive Protein）等檢查，如懷疑，可做進一步的檢查，如生化學的檢查，那麼剛才提到的疾病大概由此可診斷出來。
其次談到胰臟炎，如果是急性胰臟炎，腹痛和背部痛都會很劇烈，比較容易診斷。如果是慢性胰臟炎，常在飯後或者喝酒後會有上腹部痛或者背部痛，有時症狀會很嚴重，時好時壞，繼續好幾年。因此要注意疼痛與飲食的關係，平時在家喝酒的情形，都有很好的參考價值。但是胰臟癌並不會是發作幾年，而是發作幾個月前，本來身體好好的，有一天發生上腹部痛，背部痛的症狀出現。如果懷疑有胰臟癌，家族病史也不可忽視。其它的危險因素，如糖尿病的過去病史，目前罹患糖尿病的情形，吸菸的習慣，都要詳細問診，如有上述情形應詳細檢查。這種檢查應從沒有侵襲的開始檢查，首先從普通的血液檢查開始，血液中的胰臟酶、腫瘤標記，如果有懷疑進一步做超音波檢查。如果使用超音波檢查，要不是腫瘤很大，有時很難發現，可以注意胰臟管的擴大 (Expansion of pancreatic tube)，小的囊胞，由間接的變化便可以找到胰臟癌的線索，如果要進一步檢查，那就要做CT 或MRI。
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