日本於2000年開始，對消化性潰瘍的幽門螺旋桿菌( Helicobacter pylori)的除菌治療，健保付費。2009年，對下列3種稀少疾病： 1.早期胃癌及作EMR，即 內視鏡黏膜切除術（Mucosal resection）後。2.特發性血小板減少性紫斑症（Idiopathic thrombocytopenic purpura: ITP）。3.胃粘膜相關淋巴組織（Mucosa-associated Lymphoid Tissue：MALT）淋巴腫。治療時，健保承認同時付費。2013年2月21日開始，對感染幽門螺旋桿菌的病患做除菌治療，健保付費。
日本對幽門螺旋桿菌的治療，其目的是在減少胃癌的發生。日本的病患，自出生後就沒有感染過幽門螺旋桿菌的人，其胃黏膜全無發炎，也沒有萎縮性胃炎，也就是沒有老化現象，因此，很少發生胃癌，這在日本的統計資料已證實。
但是已長期感染幽門螺旋桿菌的病患除菌後，胃黏膜的變化並沒有恢復到未感染前的胃黏膜。以中性球的浸潤為主的活動性胃炎有改善，同時，消化性潰瘍的復發也減少很多。又因炎症引起的息肉也會隨之消失。MALT淋巴腫，有7~8成的病患，經1週的除菌療法後，可以改善或緩解，這是一種劃時代的治療。但是，是否能夠防止胃癌，日本的報告，有不同的看法。
日本於1997年，曾對早期癌症經內視鏡治療及EMR後，對黏膜的變化，分為3組，除菌治療後、完全除菌及沒有除菌。結果發現，如能除菌，可以抑制異時性胃癌（Metachronous gastric cancer）的發生。
為了確認，這種情形，在日本多處醫院，做共同試驗，為RCT（Randomized controlled trials:隨機對照試驗），結果於2008年發表。本研究為約500病例為對象，其中約250病例為隨機對照組，對胃癌的發生追蹤觀察，其中除菌成功的病例，異時性胃癌的發生病例降低1/3。
雖然在日本這樣的報告，可說是轟動的，但也不同的研究報告。其原因是因為除菌後，可抑制胃發炎，但是胃癌的發生是分子結構的DNA的傷害及基因異常的雙重傷害引起。肉眼所能觀察到可能是3~5mm的胃癌，這種臨床上能夠看到胃癌，大概要花10年的時間才會轉變。這種道理如同C型肝炎病患，使用干擾素，抑制肝硬化和肝癌的發生，結果肝癌還是發生。因此吾人應想到除菌後，還會發生胃癌的危險。但是，因炎症為基礎的細胞增殖能，會明顯的降低，同時，對胃癌的進展速度也有影響。一般內視鏡的檢查醫師，當胃癌的部位有黏膜或污染的黏液付著時，如果胃癌有紅色，3mm大，會看不清楚，但除菌後會看得更清楚，這也是除菌的好處。現代，已可用內視鏡切除胃癌，就如同治療感冒，因此，可以早期發現，早期治療。
談列除菌的藥物治療，日本在2000年開始，用於臨床的，第一次除菌治療，使用PPI、Amoxicillin、Clarithromycin，最近Clarithromycin的抗藥性增加，因此除菌效果為70~80%。2007年因為Clarithromycin的抗藥性，改為Metronidazole，這是第二次除菌治療，也就是第一次治療無效的病患，經第二次治療後有95%的除菌效果。如果第二次治療無效，還有第三次治療，但健保不付費，要自費。
使用的藥物有PPI、Amoxicillin、Sitafloxacin。目前日本對除菌效果的研究，還是使用PPI、Amoxicillin、Sitafloxacin的治療效果比較好。
因為日本認真在做幽門螺旋桿菌的除菌，因此目前20年代的年輕人，僅有10%為幽門螺旋桿菌陽性，不滿5歲，有2%。雖然日本健保，對罹患因感染幽門螺旋桿菌的胃炎的治療付費，因而有很多病患已經除菌治療過。但是對胃癌還是要注意。
談到胃癌要注意的就是，15~20年後的，不能手術的胃癌病患，因而增加化學療法的病患。因為這樣的化學療法，要花龐大的醫療費。必須要有早期發現及預防的制度。
談到日本和歐美的差別，在美國和荷蘭的胃癌5年存活率為3~5%，但日本為近80%，會有如此大的差別，主要是醫療保險的不同。因為美國和荷蘭要做內視鏡檢查，要有條件，如嚴重貧血、體重減輕嚴重，完全不能進食，否則保險公司不付費。在臨床上，如果要等症狀出現，再來檢查，已太遲。日本認為胃癌是一種早期癌，並不會很早就會死亡的癌症。因此日本與歐美，對胃癌的認識可說完全不同，此點，年青醫師應當要瞭解。
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