脂質異常的治療的基本原則，為改善飲食習慣，增加身體活動，保持適當的體重，同時戒菸等，要充分改善第一預防的生活習慣病。但是第一次預防做了並沒有改善LDL膽固醇時，那就要考慮藥物療法。第二次預防時，多數要做的是藥物治療。
日本目前使用評估病患的危險性，使用的是2012年從日本出版的，動脈硬化學會，預防動脈硬化性疾病的指針的改訂版，更重視絕對的危險評估，同時將病患的類別(Category) 分類。簡單地說，通常過去曾罹患冠狀動脈的過去病史，要做第二次預防；沒有罹患冠狀動脈的過去病史者都屬於第一次預防。如果病患有糖尿病、慢性腎臟病、非心原性腦梗塞、末梢動脈硬化疾病都屬於CategoryⅢ。如果全身沒有罹患其它疾病，按日本全國流行病學的檢查的數據80, 如果10年之內冠狀動脈的死亡率末超過0.5%，屬於CategoryⅠ；如果是末超過0.5~2%屬於CategoryⅡ；超過2%以上時，屬於CategoryⅢ。如果病患，另外罹患低膽固醇血症，另有早發冠狀動脈疾病之家族病史，耐糖能異常（不包括糖尿病）等1種以上時，上述的Category要升1階段。
其次談到病患的管理目標值。LDL膽固醇的管理目標值：CategoryⅠ就是未超過160mg; CategoryⅡ就是未超過140mg; CategoryⅢ就是未超過120mg; 第二次預防組未超過100mg/dl。這種分類法表示，分類越高，危險性就越高。在第一次預防及第二次預防也分得清楚，各有嚴格的規定，中性脂肪未超過 150mg/dl，HDL膽固醇末超過40mg/dl以上。
實際上LDL膽固醇較高的人，目前日本的治療，使用的是Statin，Statin
的種類很多，效果也有差別，可以降低LDL膽固醇20~50%，可說強有力的藥效。同時日本做第一次預防試驗的 WOSCOPS或日本的 MEGA Study，證明可以降低動脈硬化，副作用也很少，全世界很多高脂血症的病患都在使用Statin。
如果是年青人或停經前的女性絕對危險性比較低，如沒有到達管理目標值，可以觀察其經過情形即可，不使用Statin的藥物治療。如果LDL膽固醇持續高到180mg/dl以上時，要考慮家族性的高膽固醇血症的可能性，就要開始使用藥物療法較妥當。
如果合併有Ⅱ型糖尿病、CKD（ Chronic kidney disease）、心原性腦梗塞、末梢動脈硬化的病患，屬於高危險群，應早期積極使用藥物療法，以便降低LDL膽固醇。第二次預防的大規模臨床試驗，使用Statin降低LDL膽固醇，證實有效。。
其它急性冠狀動脈症候群使用 Statin的安全性及心臟血管意外事故的發生都有效的報告。同時長期的心臟血管意外事故的抑制，在發生早期就要做嚴格的脂質管理是很重要。
其次談到降低 Statin以外還有下列幾種藥物。這是從前使用過的陰離子交換樹脂Colestimide 及 Colestyramine。本劑使用於LDL膽固醇很高的病患。當病患因使用Statin而有副作用時，同時又有懷孕，或可能有懷孕時使用，但有便秘及腹部膨脹感的副作用，因本劑不吸收，但沒有嚴重的副作用。其它還有Probucol，對LDL膽固醇高的脂質異常的病患為對象，本劑還有黃色腫的退縮效果，另外有強力的抗氧化作用，本劑還有降低HDL膽固醇的作用，但現在使用得不多。
如果是中性脂肪較高，而HDL膽固醇較低的病患，使用藥物的治療方法。臨床上中性脂肪高的病患有不少，要注意的就是中性脂肪高的病患有腦中風及肝病的危險性會增加。但是降低中性脂肪，有益的證據，並不是很多，如果中性脂肪超過1,000mg/dl以上時，要預防急性胰臟炎，因此要服用 Fibrate系藥物，也會使用含EPA的魚油。當中性脂肪在200~500mg/dl時，為了降低動脈硬化性疾病的危險，同時提高HDL膽固醇，因此要使用藥物治療。
具體的使用Fibrate系藥物的方法，可以使中性脂肪降低30~60%，同時提高HDL膽固醇 5~15%，但LDL膽固醇的影響不是一定的。雖然有Fibrate對冠狀動脈預防的研究，如果確實能夠將改善高中性脂肪及低HDL膽固醇的病患，同樣可以減少冠狀動脈疾病，因此，治療此類病患要選擇病患。
Statin的治療不僅對LDL膽固醇的治療有效，同時也可降低中性脂肪。LDL膽固醇很高，中性脂肪200~500mg/dl的程度，會經常使用Statin治療。從各種Statin對降低中性脂肪的效果如下：lovastatin 20~25% 、simvastatin20~28% 、atorvastatin 12~18%、fluvastatin 8~13%可以降低。
Statin還可降低LDL膽固醇、non-HDL膽固醇、ApoB，同時從大規模的臨床試驗，中性脂肪高的一組及中性脂肪不高的一組，同樣都可以有意義的降低冠狀動脈疾病。
談到魚類的脂肪有EPA、DHA、 n-3系脂肪酸，除能降低中性脂肪外，還有抗心律不整、抗凝固作用、抗炎症、內分泌機能改善及降低血壓的效果。日本曾做JELIS Study，在服用Statin的高膽固醇病患，同時服用EPA，發生有意義的降低心臟血管的意外事故。
談到Nicotinic acid，從前曾使用的藥物，對降低中性脂肪，增加HDL膽固醇，降低LDL膽固醇及Lp(a) 有效，但有皮膚的潮紅（Fracing）及全身發癢等副作用，現在較少使用。
談到藥物的合併療法，有好幾種高脂血症混在一起的病患，如LDL膽固醇、中性脂肪、non- HDL膽固醇都很高的病患，治療時要好幾種藥物合在一起使用。在藥物組合中，多數會使用Statin。第二種配合的藥物為Ezetimibe，如果這兩種藥物能夠配合使用，Statin未使用到最高劑量以前就可把LDL膽固醇降低，同時還有降低中性脂肪，提高HDL膽固醇的作用。
其它還有Fibrate、n-3系脂肪酸及Nicotinic acid，但是Fibrate與Statin，的合併使用有時會出現Myopathy，也就是橫紋肌溶解作用，因此使用時，要特別注意。
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